荣昌猪初产繁衍性状的全基因组相关研究

荣昌猪初产繁衍性状的全基因组相关研究

(1. 重庆市畜牧科学院, 荣昌 402460;2. 国家生猪技术创新中心, 荣昌 402460)

【目的】荣昌猪是我国著名的当地良种猪，享有“华夏之宝”美誉，具有毛色独特、肉质优良、耐粗饲、杂交配合力高及繁衍性能好等杰出优点。繁衍性状是养猪生产中重要的经济性状，荣昌猪初产仔数为10头左右，经产仔数在12头左右。本研究根据纯种荣昌猪集体，统计总产仔数、活产仔数、死产仔数以及初生窝重等繁衍表型数据，经过猪50K基因芯片对集体进行基因分型，使用GWAS方法判定繁衍性状相关的候选基因和位点，为荣昌猪本品种定向化继续选育以及新品种培育供给重要的分子标记，为荣昌猪种源“卡脖子”技术攻关奠定理论基础。

 【方法】选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型，经过质量操控和基因型填充后，保存35046个SNPs用于剖析。采用主成分剖析法研究集体结构，使用混合线性模型(mixed-linear model，MLM)将出世年、出世月作为固定效应，将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组相关剖析(GWAS)。

 【成果】在全基因组明显水平上判定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP；在潜在明显水平上判定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs，3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。经过全基因组相关剖析筛选到1个明显的SNP(SSC17:57 315 180bp)一起影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重，1个明显的SNP(SSC1:279 214 647bp)一起影响荣昌猪活产仔数和总产仔数，暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能，确认BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重的重要候选基因，MSH3和CBLB基因为影响荣昌猪死胎数的重要候选基因。

 【结论】本研究成果为荣昌猪繁衍性状供给了重要的遗传变异位点和候选基因，也为荣昌猪繁衍性状的基因组挑选供给了重要的理论基础。

本文由荣昌猪整理